El modo Master Quest es una versión especial de la aventura original cuyas características principales son una mayor dificultad a la hora de superar los retos que suponen las mazmorras, así como un mayor número de enemigos en ellas los cuales son más difíciles de batir. Además de esto, los objetos que Link debe ir encontrando se encuentran situados en lugares totalmente distintos de donde se encontraban emplazados en la aventura original. La versión Master Quest de Ocarina of Time fue originalmente lanzada como un añadido en disco de Wind Waker para GameCube en 2004.
